穿膜肽的种类繁多，其分类依据有物理化学特性、来源、摄入机制、生物医※学应用等，目前尚没有◥统一的定论。根据其物理化学特性，穿膜肽可以分为三种类型：阳离子型、两亲型和疏水型，其■中以阳离子型和两亲型穿膜肽♀为主，约占85%，而疏水型∩穿膜肽仅占15%。

　　1、阳离子型穿膜肽

　　阳离子型穿膜肽由富含精氨①酸、赖氨酸和组氨酸的短肽组成，如TAT，Penetratin，Polyarginine，P22N，DPV3和DPV6等。其中，精ㄨ氨酸含有胍基，能和细胞膜上带负电荷的磷酸基团以氢键连接，在生理PH值条件下介导穿♂膜肽入膜。寡聚精氨酸(从3 R到12 R)的研究表明，精氨酸的数◎量低为8时才具有穿膜能力，且随着精氨酸数量的增加，穿膜能力也逐渐增加。而赖氨酸虽然和精氨酸一样带有阳离子，但其〗不含胍基，因此当其单独存在时，其穿膜效率就不太高 。Futaki等(2001)发现阳离子型细胞穿膜肽至少含有8个带正电荷的氨基酸时才能达到々好的穿膜效果。尽管带正电荷的氨基酸残基对于穿膜肽穿膜至关重要，但其他氨基酸也同样重■要，例如当W14突变成F后，Penetratin的穿膜性就消失了。

　　有一类特殊的阳离子型穿膜肽为核定位信号序列(nuclear localization sequences，NLSs)，是由一段富□含精氨酸、赖氨酸和脯氨酸的短肽组成，能够通过核孔复合体而转运到细胞核内。NLSs可以进一步分为单分型和双分型，分别由一簇和两簇碱性氨基酸组成，例如来至〇猿猴病毒40(SV40)的PKKKRKV为单分型NLS，而核质蛋白为双分型NLS，其发挥穿膜能力↓的短序列为KRPAATKKAGQAKKKL。由于→大多数NLSs的电荷数小于8，所以NLSs并不是有效的细胞穿膜肽，但当其与疏水性肽序列共价连接形成两亲型穿膜肽时可以有效穿膜。

　　2、两亲型穿膜肽

　　两亲型穿膜肽由亲水结构域和疏水结构域构成，分为初级两『亲型、次级α-螺旋两亲型、β-折叠两亲型和脯氨酸富集两亲型共四种 。

　　初级两亲型穿膜肽分◇为两类，一类由疏水性肽序列和NLSs共价连接而▓成，如MPG (GLAFLGFLGAAGSTMGAWSQPKKKRKV)和Pep-1 (KETWWETWWTEWSQPKKRKV)，二者均以SV40的核定位信号PKKKRKV为基础，其中MPG的疏水结构域来〖至于HIV糖蛋白41的融∮合序列(GALFLGFLGAAGSTMG A)，而Pep-1的疏水结构域来至于对膜有高亲和性的色氨酸富集簇(KETWWET WWTEW)，但二者的疏水结构域均通过WSQP与核定位信号PKKKRKV连接。另一〓类初级两亲型穿膜肽则从天然蛋白质中分离获得，如pVEC，ARF(1-22)和BPrPr(1-28)。

　　次级α-螺旋两亲型穿膜肽则是通过α-螺旋与膜结合，其亲水性氨基酸残基和疏水性氨基◥酸残基分别位于螺旋结构的不同表面，如MAP (KLALKLALK ALKAALKLA)。对于β-折叠两亲型穿膜肽①，其形成β-折叠片的能力对其穿膜ぷ能力是至关重要的，如在VT5 (DPKGDPKGVTVTVTVTVTGKGDPKPD)的穿膜能力研究↑过程中，运用D-型氨基酸突变产生的类似物不能形成β-折叠片，其穿膜能力则变得非常差。在脯氨酸富集的两亲型穿膜肽中，当脯氨酸在多肽结构』中非常富集时，其在纯水中极易形成聚脯氨酸II (PPII)。PPII为左旋※螺旋，每圈含3.0个氨＠ 基酸残基，与标准的右旋α-螺旋结∏构每圈3.6个氨基酸残基完全相反。脯氨酸富集的两亲型【穿膜肽有牛抗菌肽7(Bac7)、合成多肽(PPR)n(其中n可为3、4、5和6)等。

　　3、疏水型穿膜肽

　　疏水型穿膜肽只含有非极性氨基酸残基，净电荷量¤低于氨基酸序列总电荷量的20%，或者含有穿膜至关重要的疏水︻性基序或化学基团。尽管这类细胞穿膜肽常常被忽∑视，但它们确实存在，如来源于卡波西式肉瘤的成纤维细胞生长√因子(K-FGF)和成纤维细胞生长√因子12(F-GF12)。

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